С 2001 по 2013 годы Алферов занимал посты главного тренера и ассистента команды. Под его руководством «Металлург-Енисей» в 2010 году стал чемпионом зоны «Восток», а спустя сезон удачно дебютировал в ФНЛ.
В 2011 году получил тренерскую лицензию категории «А», дающую право возглавлять команды первого дивизиона.
По итогам первенства ФНЛ 2011/12 Александр Алфёров был номинирован на звание лучшего тренера турнира.
С 2013 по 2015 годы являлся главным тренером иркутского «Байкала».
В декабре 2015 года вошёл в тренерский штаб клуба «Луч-Энергия» (Владивосток), а с апреля 2018 назначен исполняющим обязанности главного тренера.
В декабре прошлого Александр Алферов по приглашению директора клуба Алексея Ивахова вернулся в ФК «Енисей», став тренером-селекционером.
А в июне 2020 г. стал старшим тренером нашей команды.
В сентября был назначен исполняющим обязанности главного тренера ФК «Енисей». При непосредственном руководстве Александра Алферова наша команда выиграла пять матчей подряд.
